小胞体とゴルジ体からつくられる膜で囲まれた袋で，内部には細胞内の廃棄物の分解やリサイクルにかかわる大切な酵素が含まれています。

傷ついた細胞小器官を細胞質から取り込んだり，細胞が摂取した食物を取り込んだりします。取り込まれた物質は，いったん酸性のリソソーム内部に入って強力な加水分解酵素（水があると物質を分解することから名づけられた）に出会うと，分子やそれよりも小さい成分にまで分解されてしまいます。そして分解された物質は，細胞にとって有用な有機化合物をふたたびつくるのに使われます。